工貿(mào)易保稅制度作業(yè)，共有十一個流程，詳述如下：
一、合同審批
加工貿(mào)易企業(yè)在對外簽訂加工貿(mào)易合同后，應報外經(jīng)貿(mào)主管部門審批。外經(jīng)貿(mào)主管部門核查加工貿(mào)易企業(yè)經(jīng)營狀況和生產(chǎn)能力后，根據(jù)有關規(guī)定審批合同。
二、合同備案
加工貿(mào)易合同由外經(jīng)貿(mào)主管部門審批后，加工貿(mào)易企業(yè)需在企業(yè)所在地主管海關，辦理合同登記備案手續(xù)，海關在審核加工貿(mào)易企業(yè)提供的合同登記備案單證后，如認為必要，可派員到企業(yè)實地驗廠驗庫。
另依企業(yè)的分類等級及所進口料件的類別，作不同的對待。AA類企業(yè)隨即發(fā)給登記手冊，其馀則按合同備案料件金額簽發(fā)《銀行保證金臺帳開設聯(lián)系單》交加工貿(mào)易企業(yè)向指定的中國銀行辦理開設保證金臺帳手續(xù)。
三、臺帳開設
加工貿(mào)易企業(yè)持主管海關簽發(fā)的《銀行保證金臺帳開設聯(lián)系單》，向主管海關所在地的中國銀行辦理保證金臺帳開立手續(xù)。中國銀行根據(jù)海關簽發(fā)的聯(lián)系單及加
工貿(mào)易企業(yè)的申請，審核后按合同備案料件金額開立保證金臺帳。對于不需要繳納保證金之企業(yè)，中國銀行簽發(fā)《銀行保證金臺帳登記通知單》交加工貿(mào)易企業(yè)，憑
以向海關申領加工貿(mào)易《登記手冊》。
四、繳納保證金或申請保付保函
C類企業(yè)進口任何料件和B類企業(yè)進口限制類料件，除開立上述臺帳外，尚需繳納現(xiàn)金保證金或申請由中國銀行出具以海關為受益人的稅款保付保函，其中C類
企業(yè)應繳納的保證金金額或保付保函的金額為全額，B類企業(yè)則為半額。繳納保證金或出具保付保函后，中國銀行簽發(fā)《銀行保證金臺帳登記通知單》交加工貿(mào)易企
業(yè)，憑以向海關申領加工貿(mào)易《登記手冊》。
五、手冊核發(fā)
海關根據(jù)中國銀行簽發(fā)的《銀行保證金臺帳登記通知單》及其他有關單證，向加工貿(mào)易企業(yè)核發(fā)加工貿(mào)易《登記手冊》。加工貿(mào)易企業(yè)憑此《登記手冊》，辦理有關保稅貨物的進出口和合同核銷的手續(xù)。
六、進口料件
經(jīng)海關合同登記備案的加工貿(mào)易項下的料件進口（或結(jié)轉(zhuǎn)）時，加工貿(mào)易企業(yè)應持海關核發(fā)的《登記手冊》及其他有關單證，填寫進料加工或來料加工專用進口
貨物報關單向進境地海關申報，并在《登記手冊》「進口料件報關登記表」內(nèi)，填明有關進口料件的品名規(guī)格、數(shù)量、價值等內(nèi)容。
七、出口成品
進口料件經(jīng)加工生產(chǎn)裝配為成品返銷出口（或結(jié)轉(zhuǎn)）時，加工貿(mào)易企業(yè)應持海關核發(fā)的《登記手冊》及其他有關報關單證，填寫進料加工或來料加工專用出口貨物報關單，并在《登記手冊》「出口成品登記表」，填明有關出口成品的品名規(guī)格、數(shù)量、價值等內(nèi)容后，向出境地海關申報。
八、合同核銷
加工貿(mào)易企業(yè)在海關規(guī)定的期限內(nèi)，執(zhí)行完畢加工貿(mào)易合同或最后一批加工產(chǎn)品出口后一個月內(nèi)，應持必要單證到主管海關辦理合同核銷手續(xù)。
海關對加工貿(mào)易企業(yè)提供的核銷單證審查是否齊全、有效。經(jīng)審核合同執(zhí)行情況正常的，海關對合同予以核銷結(jié)案，簽發(fā)「核銷結(jié)案通知書」。同時對開設銀行保證金臺帳的合同，簽發(fā)《銀行保證金臺帳核銷聯(lián)系單》。
九、臺帳銷帳
加工貿(mào)易企業(yè)持海關簽發(fā)的《銀行保證金臺帳核銷聯(lián)系單》，向原開立臺帳的中國銀行辦理保證金臺帳銷帳手續(xù)，對已繳納保證金者，退還其保證金，對出具保付保函者，則解除保付保函責任。
十、加工貿(mào)易合同變更
加工貿(mào)易合同在執(zhí)行過程中發(fā)生合同變更事項，如合同延期、增加進口料件等，加工貿(mào)易企業(yè)應報經(jīng)外經(jīng)貿(mào)主管部門和主管海關核準，由海關簽發(fā)《銀行保證金
臺帳變更聯(lián)系單》，加工貿(mào)易企業(yè)憑此聯(lián)系單，向設立臺帳的中國銀行辦理保證金臺帳延期等變更手續(xù)，必要時尚需補繳保證金或增加保付保函金額。
十一、成品不出口時之手續(xù)
在加工貿(mào)易合同執(zhí)行過程中，如加工的產(chǎn)品因故不能復出口，而轉(zhuǎn)為在國內(nèi)銷售的，加工貿(mào)易企業(yè)應事先報外經(jīng)貿(mào)主管部門批準，并向主管海關繳納進口稅款和補辦其他進口手續(xù)后，方可內(nèi)銷。 | 
